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En esta ocasión le correspondió a la Sala resolver si ¿Procede la corrección de la declaración del impuesto sobre las ventas por parte del responsable del IVA que pagó el impuesto generado a la DIAN, con el fin de reflejar el pago directo y extemporáneo que efectuó el agente retenedor a esa entidad del IVA que no le había retenido al vendedor?

El problema jurídico se centró en que una sociedad corrigió por segunda vez su declaración del impuesto sobre las ventas correspondiente al segundo bimestre del año 2006, con el fin de aumentar la retención del IVA por un monto de $ 97.884.000 como consecuencia de que el agente retenedor inicialmente no le practicó la retención por IVA y luego de una conciliación con la DIAN, le canceló a ésta los valores dejados de retener. El demandante expone como argumento para esta corrección que la administración ya había recibido el pago de la retención no practicada y la actora a su vez también había pagado la totalidad del IVA generado. La razón de la DIAN para rechazar esta corrección se debió a que conforme con los artículos 484-1 y 510 del Estatuto Tributario y 31 del Decreto 3050 de 1997, para descontar la retención por IVA, se requiere que el valor que se incluya en la declaración debe corresponder con la fecha en que se registró contablemente la retención.

Para resolver el conflicto, manifestó la Alta Corporación lo siguiente:

1.    Tanto la declaración inicial como las correcciones a la misma fueron directamente provocadas por la compradora de los bienes vendidos, que al principio se abstuvo de retener el IVA so pretexto de que la operación de venta estaba excluida de dicho tributo y luego, por razón de un requerimiento oficial, procedió a pagar las sumas que dejó de retener respecto de dicha operación.

2.    Los efectos de esas decisiones no pueden operar en contra de un contribuyente que lo único que hizo fue adaptar su realidad contable y tributaria al proceder de aquél en quien recaía la obligación de retener, para así evitar que la Administración conservara un doble pago por el impuesto generado en una única operación de venta.

3.    Frente a ese proceder, la actora debía aumentar el impuesto generado con tarifa del 16% y disminuir la retención pagada, de lo contrario se desconocería que el título del pago realizado por esa entidad fue precisamente la retención del impuesto generado por compras a la actora.

4.    Todo aumento del impuesto generado a la tarifa del 16% obliga, concordantemente, a reconocer la retención que corresponde por ese ingreso.

5.    Rechazar el valor de retención registrado en la declaración de corrección que fue efectivamente pagado, no sólo menoscabaría el derecho legal del sujeto pasivo de IVA a aumentar su saldo a favor o disminuir su saldo a pagar con los valores de retenciones que se le practican, sino que daría al lastre con el principio constitucional de contribuir a las cargas públicas en condiciones de  justicia y equidad, bajo el entendido de que nadie está obligado a tributar por más de lo que le corresponde. (Texto original de la sentencia 19294 de 2016 aqui)