Entre otros actos al Consejo de Estado le correspondió resolver el siguiente problema jurídico:

“(…)(iii) si las sumas recibidas por la demandante de parte del INCODER según lo ordenado en la Resolución 2317 de 2010 constituyen una renta exenta, conforme con el artículo 27 de la Ley 488 de 1998, (iv) si había lugar al rechazo de las demás deducciones solicitadas por la demandante”

Para dar respuesta a esa circunstancia la entidad recordó que el  artículo 27 de la Ley 488 de 1998 establece una exención del impuesto de renta sobre los pagos recibidos por los funcionarios públicos en el desarrollo de programas de retiro de entidades públicas en los siguientes términos.

 “Artículo 27. Exención para bonificaciones y/o indemnizaciones en programas de retiro de entidades públicas. Estarán exentas del impuesto sobre la renta las bonificaciones y/o indemnizaciones que reciban los servidores públicos en virtud de programas de retiro de personal de las entidades públicas nacionales, departamentales, distritales y municipales.”

Según el texto de la norma, se tienen como exentos del impuesto de renta los pagos que cumplan las siguientes condiciones:

(i)               Ser pagos constitutivos de bonificación o indemnización.

(ii)              percibidos por funcionarios públicos.

(iii)            en virtud de programas de retiro de personal de las entidades a las cuales se encuentran vinculados.

En el caso concreto la Sala advirtió que :

-        En este caso el Decreto 1291 del 21 de mayo de 2003 ordenó la supresión del Instituto Nacional de Adecuación de Tierras –INAT-, y la eliminación de los empleos existentes en el mismo.

-        Se suprimieron cargos administrativos en el INAT mediante el Decreto 1683 del 18 de junio de 2003, incluyendo el que ostentaba la demandante.

-        El artículo 39 de la Ley 443 de 1998 (vigente para el momento de la liquidación del INAT y la supresión del cargo de la demandante) establecía el derecho de los empleados públicos de carrera administrativa a ser reincorporados en cargos vacantes equivalentes, cuando los cargos que desempeñaban fuesen suprimidos como consecuencia de la fusión o supresión de la entidad misma en la que prestan sus servicios:

-        Si bien el pago ordenado en la Resolución 2317 del 12 de agosto de 2010 se calculó teniendo en cuenta los diferentes elementos de los “salarios y prestaciones sociales” correspondientes al cargo, incluyendo los descuentos por concepto de salud y pensión, ello no modifica su naturaleza indemnizatoria para convertirlo en un pago de naturaleza laboral, pues la forma de cálculo de la indemnización con base en los salarios y prestaciones del periodo en liquidación corresponde a la forma de medir o estimar el daño derivado de la supresión del cargo (lucro cesante), y no a la prestación de un servicio que da lugar al pago de salarios y prestaciones laborales.

-        La resolución se expidió como consecuencia de la negativa de la demandante a asumir el cargo señalado por el INCODER, lo que supone que se optó por la alternativa ofrecida por la ley en este supuesto, que es el pago de una indemnización, alternativa que excluye el ejercicio del cargo y el reconocimiento de los pagos de naturaleza laboral que derivan de ello.

De otro lado, con respecto al rechazo de las deducciones solicitadas por la demandante para este caso, estas fueron las presiones de la Sala:

El artículo 742 del Estatuto Tributario prevé que la determinación de tributos y la imposición de sanciones deben fundarse en hechos que estén demostrados en el expediente, por los medios de prueba señalados en las leyes tributarias o en el Código de Procedimiento Civil (hoy Código General del Proceso), en cuanto sean compatibles con las normas tributarias. A su vez, el artículo 746 del mismo Estatuto establece una presunción de veracidad sobre los hechos consignados por los contribuyentes en sus declaraciones tributarias, sus correcciones y sus respuestas ante la administración tributaria