En este caso, la demandante compró a un usuario industrial de zona franca permanente determinados bienes que posteriormente fueron re-vendidos a entidades no residentes. Como los bienes se encontraban en zona franca,  le impartió instrucciones al usuario aduanero  para que tramitara su salida al mercado extranjero, quien diligenció el Formulario de Movimiento de Mercancías [en adelante, FMM], con el que se autorizó su salida al exterior. 

Cuando la demandante compró los bienes al usuario de zona franca, éste último los facturó con IVA y cuanto los vendió a las entidades no residentes los consideró exentos. 

La demandante indicó que la salida de productos desde zona franca eran exentos, pues se considera “como exportación la venta y salida a mercados externos de los bienes producidos, transformados, elaborados o almacenados por usuarios industriales y comerciales en una zona franca, procedimiento que solo requiere de la autorización del usuario operador quien incorpora esa información al sistema informático aduanero a través del FMM”.

En virtud de lo anterior, argumentó la demandante que los bienes exportados son exentos del IVA y otorgan derecho para solicitar la devolución de los impuestos descontables.

Por su parte, en cuanto a la procedencia de los impuestos descontables por compras y servicios gravados, la demandante argumentó que se demostró la realidad de las operaciones de exportación, por lo que los bienes que adquirió del usuario industrial de zona franca, constituyen costo de venta o de producción de los bienes que fueron exportados, y por tanto era procedente el impuesto descontable por concepto del IVA.

Por su parte,  la Administración de Impuestos adujo que para acceder a la exención la demandante debió nacionalizar la mercancía bajo el régimen de importación ordinaria y luego realizar la exportación desde el territorio nacional.

En el caso concreto, el Consejo de Estado consideró:   

1. En cuanto a los ingresos por venta de bienes adquiridos y enviados al exterior desde zona franca: 

Al respecto la la Sala reiteró su jurisprudencia aduciendo que:

“[…] el régimen aduanero aplicable para las exportaciones de zonas francas, no se extiende al residente del TAN, […] primero porque se trata de una regulación especial para esa comprensión territorial y para los usuarios habilitados, según el tipo de calificación que detenten (industriales, de bienes, servicios, comerciales), y segundo porque directamente la norma diferenció el alcance de las exportaciones en cada uno de tales casos, y les señaló el trámite indispensable en cada evento, conforme fue señalado en apartes anteriores, de donde no resulta procedente que a las exportaciones previstas para quienes se encuentren en el territorio nacional, diferentes a las zonas calificadas como francas, se les apliquen los conceptos y condiciones propios de estos último. De manera que no era necesario una prohibición expresa en tal sentido […]” 

“Dependiendo del tratamiento que normativamente sea el aplicable, el soporte será el Formulario de Movimiento de Mercancías o el DEX (declaración de Exportación), lo que descarta la posibilidad de sustentar una operación que debió regularse como una exportación ordinaria por parte de una persona ubicada en el territorio nacional, diferente a la zona franca, con un FMM […]”.