En el caso objeto de análisis, el Alcalde revocó el acto administrativo mediante el cual se había otorgado a la parte actora la exención del ICA porque durante los primeros tres meses de 2016, la actora no acreditó el cumplimiento de los requisitos necesarios para mantener dicho beneficio, en especial el relativo a la contratación de personal residente. Posteriormente, la demandante interpuso recurso de reconsideración el cual fue resuelto de manera negativa por la Subsecretaría de la Subdirección de Ingresos y Tesorería.  

En criterio de la actora, dado que el recurso interpuesto contra el acto proferido por el alcalde que revocó la exoneración  fue resuelto por la Subsecretaría de Ingresos y Tesorería, oficina de menor jerarquía (dependía de la secretaría de Hacienda, quien a su vez dependía del Alcalde), la existencia y validez del acto fueron afectados, lo que implicó que nunca naciera a la vida jurídica, operando en consecuencia el silencio administrativo positivo, pues éste no fue resuelto dentro del término legal, por el funcionario competente.  

La parte demandada explicó que la estructura de la Administración en el Municipio tuvo varias modificaciones que condujeron a la «redistribución de competencias», respecto de la gestión tributaria. Explicó que el municipio estableció las competencias tributarias en la Secretaría de Hacienda y de manera especial «en un funcionario especializado». Indicó que con varias modificaciones realizadas al estatuto municipal se asignaron las funciones tributarias al «profesional especializado de la administración tributaria» y la competencia para resolver los recursos de reconsideración y que recientemente el cargo de profesional especializado se designó como la Subsecretaría de Ingresos y Tesorería. 

Teniendo en cuenta lo anterior, el demandando concluyó que el municipio no ha hecho nada diferente a ajustar sus procedimientos al marco tributario nacional, de ahí que la competencia para resolver los recursos que en algún momento tuvo el Alcalde, para la época en que se resolvió el recurso, estaba a cargo de la Subsecretaría de Ingresos y Tesorería.  

De acuerdo con lo anterior, al Consejo de Estado le correspondió determinar “(i) si la Subdirección de Ingresos y Tesorería del municipio demandado carecía de competencia para resolver el recurso de reconsideración, por cuanto la competencia era del alcalde y, por ende, se configuró el silencio administrativo positivo.” ​