• Con respecto al término para notificar el requerimiento especial la Sala señaló que este se suspende cuando se practican diligencias de inspección tributaria dentro de los tres meses posteriores a la notificación del auto que la decreta, aunque el acta final de inspección se suscriba fuera de ese plazo.   

• Con respecto al acta, precisó que esta debe contener hechos, pruebas, fundamentos y fecha de cierre, requisitos cumplidos en este caso.  

• Si bien, la DIAN desconoció la deducibilidad de los costos por concepto de compensaciones por considerar que estas tienen un carácter sancionatorio que buscar resarcir el daño causado por la explotación y transporte del mineral, la Sala consideró que quedó probado que dichos pagos se realizaban a la autoridad minera como parte de erogaciones ineludibles para poder llevar a cabo la actividad productora de renta de la demandante, cumpliendo así con los requisitos establecidos en el Estatuto Tributario.  

• Con relación a las compensaciones pactadas contractualmente indicó que estos son costos deducibles conforme a la Constitución, al artículo 107 del Estatuto Tributario y normas contables, debido a su relación directa con la actividad minera y la generación de ingresos.  

• Para la actora, las compensaciones pagadas son costos bajo las normas contables y tributarias, toda vez que: i) se originaron en lo pactado en el contrato de gran minería y el otrosí 2 (cláusula 31), y fue un pago requerido por la autoridad minera para la extracción, explotación, utilización, beneficio y comercialización del carbón -objeto social de la actora-; ii) son erogaciones relacionadas con la generación de ingresos de la sociedad; iii) se registraron en la cuenta 731596000 -hecho verificado por la DIAN- y en el renglón 32 de la declaración de renta; iv) se causaron y pagaron en el año 2013 y cumplen los requisitos de necesidad, proporcionalidad y relación de causalidad con la actividad productora de renta conforme con el artículo 10​7​ del ET, pues era un pago obligatorio para el desarrollo del objeto social de la compañía, que se tasó entre el 1 % y el 3 %.   

• Con respecto a los costos por mantenimiento, la Administración desconoció los montos por este servicio al considerar que, con ocasión del contrato de colaboración empresarial, la actora no los distribuyó en los porcentajes acordados, sin embargo, la Sala encontró demostrado que la demandante no declaró importes superiores a los que le correspondían en virtud del contrato de colaboración empresarial, porque se probó que, aunque contabilizó un total de costos, luego reintegró las sumas que le correspondían. 

• Por otra parte, la Sala encontró que la sanción por inexactitud no procedía y determinó que debía levantarse la sanción impuesta al representante legal, debido a la vulneración del debido proceso y a la ausencia de hechos que configuraran evasión o fraude​.  

Fallo del Consejo de Estado:  

Primero: Se confirmó la sentencia proferida por el Tribunal Administrativo del Atlántico, la cual declaró la nulidad de la liquidación oficial de revisión que modificaba la declaración de renta y complementarios presentada por la Demandante, y que a su vez sancionaba al representante legal.  

Asimismo, se declaró la nulidad de la resolución que resolvió los recursos de reconsideración.  

Segundo: A título de restablecimiento del derecho, se declaró la firmeza de la declaración del impuesto sobre la renta y complementarios del período gravable 2013.  

Tercero: Sin condena en costas.