La Sala centró su análisis en determinar si la regulación demandada desconocía normas superiores y si los actos administrativos particulares se encontraban viciados de nulidad por una indebida liquidación de los derechos de registro. 

En primer lugar, el Consejo de Estado realizó una distinción entre los derechos de registro y el impuesto de registro. Precisó que los primeros constituyen una contraprestación por el servicio público de registro, cuya tarifa es fijada por la autoridad administrativa competente, mientras que el segundo corresponde a un tributo de creación legal con elementos definidos por el legislador. En consecuencia, concluyó que no es jurídicamente válido aplicar de manera automática las reglas del impuesto de registro para cuestionar la legalidad de las tarifas de los derechos registrales. 

Indicó que esta distinción resulta relevante, porque en el ámbito de la función registral la inscripción de actos y negocios jurídicos genera tanto el cobro de derechos registrales -tarifa por el servicio- como del impuesto de registro. Recordó que la Corte Constitucional precisó que la tarifa y el impuesto son conceptos claramente diferenciados: la tarifa por derechos de registro es una contrapre​stación por un servicio público, regulada en la ley -en este caso, la Ley 1579 de 2012​​​- pagada únicamente por los usuarios del servicio, fijada anualmente por la superintendencia y sujeta al IPC, cuyos recursos ingresan al tesoro nacional y son administrados por dicha entidad. En contraste, el impuesto de registro es un tributo de creación legal cuyos elementos se encuentran en la Ley 223 de 1995​ -reglamentada por el Decreto 650 de 1996-, su tarifa es fijada por las asambleas departamentales a iniciativa de los gobernadores y los beneficiarios son los departamentos, de modo que no es posible equipararlos. 

Bajo esta premisa, la Sala consideró que las normas invocadas por el demandante no eran aplicables al caso, en tanto regulaban el impuesto de registro y no los derechos derivados del servicio registral. Por ello, no podían constituir parámetro de control de legalidad frente a la disposición acusada. 

Asimismo, la corporación indicó que la Superintendencia de Notariado y Registro actuó dentro del ámbito de sus competencias al establecer el criterio de liquidación basado en el mayor valor entre el consignado en el contrato y el avalúo del inmueble. A juicio de la Sala, dicha regla no implicó una modificación de la base gravable definida por el legislador, sino una determinación propia del régimen tarifario del servicio registral. 

En relación con los actos administrativos particulares, el Consejo de Estado concluyó que estos se fundamentaron en una norma cuya presunción de legalidad no fue desvirtuada, por lo que no se configuró la nulidad alegada. En consecuencia, tampoco resultaba procedente la devolución de los valores pagados, al no acreditarse un cobro indebido o en exceso. 

En mérito de lo expuesto, la Sala precisó que el demandante no logró demostrar la infracción de normas superiores ni la extralimitación de funciones por parte de la autoridad administrativa, razón por la cual no prosperaron los cargos formulados. 

Con esta decisión, el Consejo de Estado concluyó que los derechos de registro son conceptualmente distintos del impuesto de registro y que la Superintendencia de Notariado y Registro está facultada para establecer reglas de liquidación dentro del ámbito de sus competencias, siempre que no desconozca el marco legal aplicable.