​Consideraciones del Consejo de Estado:

1. Subcapitalización y favorabilidad 

En este caso, el artículo 118-1 del ET, adicionado por la Ley 1607 de 2012, vigente para la época de los hechos señalaba lo siguiente:

“Artículo 118-1. Subcapitalización. Sin perjuicio de los demás requisitos y condiciones consagrados en este Estatuto para la procedencia de la deducción de los gastos por concepto de intereses, los contribuyentes del impuesto sobre la renta y complementarios sólo podrán deducir los intereses generados con ocasión de deudas, cuyo monto total promedio durante el correspondiente año gravable no exceda el resultado de multiplicar por tres (3) el patrimonio líquido del contribuyente determinado a 31 de diciembre del año gravable inmediatamente anterior.

En virtud de lo dispuesto en el inciso anterior, no será deducible la proporción de los gastos por concepto de intereses que exceda el límite a que se refiere este artículo. PARÁGRAFO 1o. Las deudas que se tendrán en cuenta para efectos del cálculo de la proporción a la que se refiere este artículo son las deudas que generen intereses (…)"

La normativa establecía que los contrib​uyentes solo podían deducir los intereses derivados de deudas cuyo monto total promedio, durante el respectivo año gravable, no excediera tres veces su patrimonio líquido determinado al 31 de diciembre del año inmediatamente anterior.  Por lo tanto, la fracción de los intereses que superara dicho límite resultaba no deducible.

El Consejo de Estado fue enfático en reiterar que:

• El artículo 118-1​ del Estatuto Tributario regula un elemento estructural del impuesto (la base gravable), no una sanción.

• El principio de favorabilidad, consagrado en el artículo 29 de la Constitución Política (debido proceso), solo aplica en materia sancionatoria, no para modificar retroactivamente reglas sustanciales del tributo.

• Conforme a los artículos 338 y 363 de la Constitución, las normas tributarias de período solo aplican a hechos ocurridos después de su vigencia.

Por tanto, la versión del artículo 118-1​ vigente en 2013 era la aplicable y la DIAN actuó correctamente al rechazar la deducción de intereses, dado que el patrimonio líquido del contribuyente al cierre de 2012 era cero.

2. Deducción por salarios y prueba de aportes

El artículo 108 del ET establece requisitos especiales para la deducción en el impuesto sobre la renta de las expensas por salario:

“ARTÍCULO 108. Los aportes parafiscales son requisito para la deducción de salarios. Para aceptar la deducción por salarios, los patronos obligados a pagar subsidio familiar y a hacer aportes al Servicio Nacional de Aprendizaje - SENA, al Instituto de Seguros Sociales - ISS, y al Instituto Colombiano de Bienestar Familiar - ICBF, deben estar a paz y salvo por tales conceptos por el respectivo año o período gravable, para lo cual, los recibos expedidos por las entidades recaudadoras constituirán prueba de tales aportes. Inciso 2. Adicionado. Ley 223/1995, Art. 83. Los empleadores deberán además demostrar que están a paz y salvo en relación con el pago de los aportes obligatorios previstos en la Ley 100 de 1993. Adicionalmente, para aceptar la deducción de los pagos correspondientes a descansos remunerados es necesario estar a paz y salvo en el SENA y las cajas de compensación familiar.

PARÁGRAFO 1. Para que sean deducibles los pagos efectuados por los empleadores cuyas actividades sean la agricultura, la silvicultura, la ganadería, la pesca, la minería, la avicultura o la apicultura, a que se refiere el artículo 69 de la Ley 21 de 1982, por concepto de salarios, subsidio familiar, aportes para el SENA, calzado y overoles para los trabajadores, es necesario que el contribuyente acredite haber consignado oportunamente los aportes ordenados por la citada ley. PARÁGRAFO 2. Adicionado. Ley 1393/2010, Art. 27. Para efectos de la deducción por salarios de que trata el presente artículo se entenderá que tales aportes parafiscales deben efectuarse de acuerdo con lo establecido en las normas vigentes. Igualmente, para la procedencia de la deducción por pagos a trabajadores independientes, el contratante deberá verificar la afiliación y el pago de las cotizaciones y aportes a la protección social que le corresponden al contratista según la ley, de acuerdo con el reglamento que se expida por el Gobierno nacional. Lo anterior aplicará igualmente para el cumplimiento de la obligación de retener cuando ésta proceda. PARÁGRAFO 3. Adicionado. Ley 1607/2012, Art. 34. Las sociedades y personas jurídicas y asimiladas contribuyentes declarantes del impuesto sobre la renta y complementarios, no estarán sujetas al cumplimiento de los requisitos de que trata este artículo por los salarios pagados cuyo monto no exceda de diez (10) salarios mínimos legales mensuales vigentes"

Analizada la anterior normativa, la Sala concluyó que le asistía razón a la parte demandante en cuanto a que el certificado de paz y salvo no constituye el único medio de prueba idóneo para acreditar el pago efectivo de los aportes requeridos para la procedencia de la deducción por salarios.

De todos modos, indicó que dicha circunstancia no resultaba suficiente, por sí sola, para declarar la nulidad de los actos administrativos demandados, pues, la ausencia de ese certificado no fue el motivo exclusivo del rechazo parcial de la deducción, sino que tal reparo obedeció a que:

(i) los pagos efectuados por el contribuyente no correspondían a la totalidad de los aportes que debía realizar según el importe de los salarios llevados como deducibles en el impuesto sobre la renta y,

ii) un porcentaje de los aportes deducidos es inferior al valor que efectivamente pagó por dichos conceptos el contribuyente.

Aquí el fallo introduce un matiz importante:

• El artículo 108​ del Estatuto Tributario, que regula la deducción por salarios, exige que el empleador esté a paz y salvo por aportes al SENA, ICBF, cajas de compensación y seguridad social.

• Sin embargo, la norma no establece una tarifa legal probatoria, es decir, no exige exclusivamente un certificado formal de paz y salvo.

• Los recibos y planillas de pago son medios de prueba válidos.

En este punto, el Consejo de Estado corrigió a la DIAN parcialmente, al concluir que la Administración no aplicó una metodología suficientemente rigurosa para rechazar parte de la deducción por salarios, aceptando una deducción parcial a favor del contribuyente.

El Consejo de Estado:

• Revocó parcialmente la sentencia de primera instancia.

• Declaró la nulidad parcial de los actos de la DIAN.

• Ajustó la liquidación del impuesto y la sanción.

• Negó las demás pretensiones del contribuyente.

• No impuso condena en costas.​​​