Consideraciones de la Sala:
A partir del recurso de apelación interpuesto por el contribuyente, la discusión se centró en dos aspectos principales:
- Analizar si el contribuyente estaba obligado a practicar autorretención sobre los pagos recibidos de personas naturales que no acreditaban la calidad de agentes de retención.
- Determinar si la administración podía ajustar, en la declaración del período 12, ingresos correspondientes a otros periodos del mismo año gravable.
Con base en estos puntos, la Sala delimitó el problema jurídico y abordó el análisis de la controversia, teniendo en cuenta tanto las reglas que regulan la autorretención a título del impuesto sobre la renta como el alcance de las facultades de fiscalización de la administración tributaria.
A) Mecanismos de autorretención en la fuente a título de impuesto sobre la renta
El Consejo de Estado empezó por precisar el alcance de los mecanismos de autorretención a título del impuesto sobre la renta contenidos en el Decreto 1625 de 2016 y señaló que, aunque dicha normativa no distingue expresamente entre autorretención general y autorretención especial, esta diferencia entre ambos conceptos es posible a partir de su estructura normativa, ya que se trata de dos mecanismos distintos de recaudo anticipado con elementos propios.
En ese sentido, explicó que la autorretención general, regulada en los artículos 1.2.6.1 a 1.2.6.5 del Decreto 1625 de 2016 y vinculada al artículo 368 del Estatuto Tributario, opera previa autorización de la DIAN y permite al contribuyente practicar retención sobre sus propios ingresos. Este mecanismo tiene reglas particulares, como la prevista en el artículo 1.2.6.4 del decreto, que releva de la retención en ciertos casos de pagos provenientes de personas naturales no agentes retenedores.
Por su parte, la autorretención especial, regulada en el mismo Decreto, constituye un mecanismo diferente, que se aplica a sociedades contribuyentes del impuesto sobre la renta que cumplen condiciones específicas, como la exoneración de aportes prevista en el artículo 114-1 del Estatuto Tributario. En este caso, la base de la autorretención se define en el artículo 1.2.6.7, que remite a las reglas generales de retención en la fuente, aunque con particularidades propias según la actividad económica, y las tarifas establecidas en el mismo ordenamiento.
A partir de estas diferencias, la Sala destacó que ambos sistemas no solo tienen origen normativo distinto, sino que también presentan diferencias en sus elementos estructurales (como el sujeto obligado, la base y la tarifa) y pueden incluso concurrir, de conformidad con el artículo 1.2.6.6 del decreto y el parágrafo 1 del artículo 368 del Estatuto Tributario que establece quienes son agentes de retención.
Con base en lo anterior, el Consejo de Estado concluyó que, si bien las bases para calcular la autorretención a título de impuesto sobre la renta y complementario del Decreto 1625 de 2016 remite a las normas generales de retención para determinar la base de la autorretención especial, dicha remisión no autoriza a incorporar excepciones propias de un régimen distinto.
En particular, precisó que la reglade autorretención sobre pagos de personas naturales, relacionada de forma directa a la autorretención general, no puede extenderse a la autorretención especial.
En consecuencia, determinó que no era procedente excluir de la base de la autorretención los pagos provenientes de personas naturales que no acreditaron la calidad de agentes de retención, por lo que el cargo de apelación en ese punto no prosperó.
B ) Independencia de los periodos de autorretención en la fuente
En este punto, la Sala centró el análisis en establecer si la administración podía concentrar en la declaración del período 12 de 2018 los ajustes derivados de ingresos omitidos en los demás meses del año. Aunque el Tribunal había considerado válida esta actuación ante la ausencia de una prohibición expresa, el contribuyente insistió en que ello desconocía la naturaleza del mecanismo.
Como punto de partida, el Consejo de Estado aclaró que la DIAN sí estaba facultada para fiscalizar todos los periodos del año 2018, incluso los meses 1 a 11, ya que, según la Sala, el término de firmeza de las declaraciones de retención en la fuente se determina con base en la declaración de renta del respectivo año gravable, conforme a los términos para notificar requerimiento en IVA y retención en la fuente, de acuerdo con el artículo 705-1 del Estatuto Tributario. Por tanto, la discusión no giraba sobre la competencia de la administración, sino sobre la forma en que ejerció esa facultad.
Así las cosas, la Sala destacó que la DIAN modificó la declaración del período 12 al concentrar en dicho mes diferencias correspondientes a todo el año, incrementando de manera sustancial la base de autorretención y el valor a pagar. Esta actuación se apoyó en la comparación entre los ingresos declarados en renta y las bases reportadas en autorretenciones, y en la posibilidad de ajustar varios periodos en una sola actuación administrativa.
Sin embargo, el Consejo de Estado precisó que, aunque el artículo 695 del Estatuto Tributario permite que las actuaciones administrativas comprendan varios periodos, dicha facultad es de carácter procedimental y no autoriza a trasladar a una sola declaración ingresos que, en realidad, corresponden a meses distintos. En esa medida, recalcó que la autorretención especial debe declararse y pagarse de forma mensual, según el artículo 1.2.6.9 del Decreto 1625 de 2016, y que la base debe corresponder al periodo en que se realizan fiscalmente los ingresos, en los términos del artículo 28 del Estatuto Tributario.
Con fundamento en lo anterior, concluyó que la DIAN no podía acumular en diciembre los ingresos de los meses anteriores y que, en caso de encontrar inconsistencias, debía ajustar cada periodo de manera independiente. Por esta razón, declaró la nulidad parcial de los actos administrativos, excluyendo de la base los valores indebidamente acumulados y manteniendo únicamente los correspondientes al período 12.
Finalmente, precisó que solo resultan exigibles los intereses moratorios causados hasta la fecha de presentación de la declaración del impuesto sobre la renta de 2018, conforme al artículo 634 del Estatuto Tributario.
Decisión:
El Consejo de Estado revocó la decisión de primera instancia y, en su lugar, declaró la nulidad parcial de los actos administrativos mediante los cuales la DIAN modificó la declaración de retención en la fuente del período 12 de 2018.
Como consecuencia, precisó que el contribuyente únicamente debía pagar la sanción por inexactitud, en el monto ajustado por el propio Consejo de Estado, junto con los intereses moratorios causados hasta la fecha en que se presentó la declaración del impuesto sobre la renta del año gravable 2018.
Ver aquí Sentencia del Consejo de Estado 30558 de 2026