Por su parte, la Administración defendió la legalidad de su actuación argumentando que la devolución se efectuó dentro del término previsto en la ley. Señaló que el plazo inicial para resolver la solicitud no debía analizarse de manera aislada, pues la solicitud había sido presentada dentro de los dos meses siguientes a la declaración que originó el saldo a favor, circunstancia que extendía el término de devolución, y que además se había suspendido el conteo durante el periodo destinado a la práctica de pruebas para verificar la procedencia del reintegro. A ello se sumaban las suspensiones decretadas con ocasión de la emergencia sanitaria y las contingencias derivadas de la implementación de la plataforma tecnológica distrital.  

Además, argumentó que el término legal también estuvo suspendido durante los periodos derivados de las medidas adoptadas con ocasión de la emergencia sanitaria y de las contingencias relacionadas con la implementación de la plataforma tecnológica. A su juicio, estas circunstancias debían ser consideradas para establecer la fecha límite con la que contaba la administración para realizar la devolución.  

Al analizar el caso, el Consejo de Estado recordó que el régimen aplicable a las devoluciones tributarias constituye un sistema especial e integral que regula tanto el derecho a la devolución de saldos a favor como los intereses que eventualmente pueden reconocerse a cargo de la Administración. Por esa razón, precisó que el reconocimiento de intereses debe examinarse exclusivamente a la luz de las reglas previstas en la legislación tributaria, sin acudir a regímenes distintos para ampliar los supuestos de procedencia.  

La Sala reiteró que los intereses moratorios únicamente se causan cuando la Administración realiza la devolución por fuera del término legal establecido para ello. En consecuencia, la discusión no consistía en determinar cuánto tiempo transcurrió entre la solicitud y la devolución, sino en establecer cuál era, en realidad, la fecha límite con la que contaba la autoridad tributaria para efectuar el reintegro una vez consideradas todas las ampliaciones y suspensiones legalmente aplicables. 

Frente al principal argumento de la demandante, la corporación explicó que, aunque las disposiciones sobre intereses moratorios no contemplan expresamente eventos de suspensión de su causación, sí resulta indispensable tener en cuenta aquellas suspensiones que afectan el cómputo del plazo de devolución. Ello obedece a que la mora solo puede configurarse después del vencimiento del término legal con el que cuenta la Administración para devolver los recursos. Por tanto, si dicho término se encuentra suspendido por mandato legal o por actos administrativos válidamente expedidos, esas interrupciones también inciden en la determinación de una eventual mora.  ​