​En el presente caso la Alta Corporación estudió la acción de nulidad interpuesta en contra del Concepto 16805 de 2001, mediante el cual la DIAN afirmó que los contribuyentes no obligados a llevar contabilidad no pueden hacer uso de la deducción por depreciación, ya que la ley tributaria exige que la depreciación se lleve en registros contables en la forma que indique el reglamento (Art. 141 del E.T).

Según el demandante el concepto vulnera el artículo 363 de la Constitución Política relacionado con los principios de equidad y de progresividad ya que al no permitir la deducción por depreciación de activos fijos a los contribuyentes no obligadas a llevar contabilidad, les asigna una carga excesiva, toda vez que se aumenta la base de tributación de esos contribuyentes. Aduce que la depreciación no la causa un registro contable sino el desgaste o deterioro por el uso del bien y el legislador al establecer el beneficio de la deducción por depreciación, no diferenció entre obligados y no obligados a llevar contabilidad.

La Sala comienza su análisis señalando que de la interpretación sistemática de las normas que regulan la deducción por depreciación se evidencia que la prerrogativa fiscal sólo opera para los sujetos obligados a llevar contabilidad, pues la determinación de las cuotas anuales de depreciación de un activo fijo tangible se da como resultado de un proceso de carácter contable, que por expresa disposición legal debe registrarse en la contabilidad del contribuyente. Es por eso que el Estatuto Tributario sí estableció un tratamiento diferenciado en lo que respecta a la deducción por depreciación, disponiendo que los contribuyentes que no están obligados a llevar contabilidad no pueden acceder a la misma.

Así mismo, planteó el Consejo de Estado que no existe la invocada violación a los principios de equidad y de progresividad del sistema tributario porque los sujetos obligados a llevar contabilidad no están  en las mismas condiciones que los sujetos que ocasionalmente ejecutan actividades de índole mercantil o de otras actividades y que, por tanto, no deben llevarla, en razón a que los primeros realizan habitualmente dichas actividades y están sometidos a un tratamiento legal diferente.

Por último, la Sala observa que el concepto demandado no está imponiendo una carga tributaria excesiva, como lo afirma el demandante, porque la carga tributaria es una sola, tanto para los obligados como para los no obligados a llevar contabilidad; lo único que precisa es que para poder hacer uso de la deducción por depreciación en el impuesto sobre la renta, tal como lo dispone el artículo 141 del E.T., ésta debe registrarse contablemente, a diferencia de otras deducciones que aplican para todos los contribuyentes. En consecuencia, la Sala no procedió a declarar la nulidad del concepto demandado (Texto original de la sentencia 19902 de 2016 aquí​).