El CTCP emitió una orientación técnica contable con base en los marcos normativos vigentes, principalmente el Decreto Único Reglamentario 2420 de 2015 y sus anexos, indicando que el tratamiento varía según la naturaleza del impuesto: 

• IVA excluido: No hace parte de la base gravable, no se reconoce como activo ni pasivo y se incorpora directamente al costo del bien o servicio. 

• IVA exento: Permite recuperar el impuesto pagado en compras relacionadas; se registra como un activo (cuentas por cobrar) siempre que se espere su devolución o compensación. 

• IVA gravado: En ventas se reconoce como pasivo (otras cuentas por pagar) y en compras como activo (IVA descontable), siempre que estén asociadas a ingresos gravados o exentos. ​​

Para el caso especial en San Andrés y Providencia la entidad señaló que, por tratarse de un territorio exento de IVA, las ventas hacia el archipiélago deben registrarse como ingresos exentos y reconocerse el derecho a devolución del IVA pagado en compras relacionadas, contabilizándolo como activo. 

Por su parte se refirió al prorrateo del IVA aduciendo que en operaciones que combinen actividades gravadas y excluidas, el contribuyente debe aplicar un método técnico, razonable y documentado para determinar la proporción del IVA descontable. La parte no deducible se llevará como mayor valor del gasto o del activo.